Od 2011 r. zatrudniona w Instytucie Matki i Dziecka, od 2013 r. jako kierownik Zespołu Pracowni Cytogenetyki w Zakładzie Genetyki Medycznej. Poprzednio pracowała w Katolickim Uniwersytecie w Leuven, w Belgii. W 2009 r. uzyskała tytuł doktora nauk medycznych w zakresie biologii medycznej, a tytuł specjalisty laboratoryjnej genetyki medycznej w 2010 r. Jednym z większych osiągnięć zawodowych prof. Nowakowskiej jest wdrożenie zastosowania unikalnej w Polsce metody analizy (HR-CGH i CGH do mikromacierzy). Prowadzi badania naukowe mające na celu identyfikację nowych genów odpowiedzialnych za niepełnosprawność intelektualną, wady wrodzone oraz zaburzenia ze spektrum autyzmu. Szczególnie jednak interesuje ją zespół delecji 22q11, a w szczególności przyczyny zmienności fenotypowej obserwowanej u pacjentów z tą chorobą. Zainicjowała powstanie Grupy Rodzin z Zespołem Delecji 22q11.